アクセルリス が、DNA 配列データ分析の有力企業と提携

～次世代シーケンサ－(NGS) 分析の簡素化と高速化により科学技術革新を促進～

＊米国アクセルリス社が2011年3月16日に発表したプレスリリースの抄訳です。

米カリフォルニア州サンディエゴ発－科学企業向けの研究開発ソフトウェアおよびサービスを提供する世界的なリーダー企業であるアクセルリス社（Accelrys, Inc. 本社：米国カリフォルニア州サンディエゴ、NASDAQ：ACCL/日本法人：東京都千代田区 代表者：庭山 章、以下アクセルリス）は、オックスフォード・ナノポア・テクノロジーズ社 (Oxford Nanopore Technologies Ltd.) とのパートナーシップ契約を締結したことを発表しました。

このパートナーシップ契約に基づき、両社は オックスフォード・ナノポア社の単一分子分析システムで生成した実験データに対する複雑な分析をリアルタイムに行うソフトウェアを開発する予定です。また、製品化の際は、オックスフォード・ナノポア 社の DNA シーケンシングシステムにおける二次レベル以上のデータ分析に対する推奨ソリューションとして、専用の Pipeline Pilot データ分析解析パイプラインを提供し、サポートします。このパイプラインでは、主要な DNA シーケンステクノロジーすべてに対する互換性を備えた、アクセルリスの新しいソフトウェアソリューションである NGS Collection for Pipeline Pilot をはじめとする、さまざまなモジュールを活用します。

「Pipeline Pilot は非常に順応性の高いソフトウェアプラットフォームであり、今日の科学者が直面する多くの問題解決に役立ちます」と オックスフォード・ナノポア 社の CTO (Chief Technology Officer) である Clive G. Brown 氏は語ります。「分子分析、特に DNA 配列解析は科学研究において急速に進歩している領域ですが、データの管理や分析もそれに伴い、ますます困難になっています。NGS 分析にかかわる情報技術者は、急速に進むデータの増大やアルゴリズムの進化に遅滞なく対応していかなければなりません。そのためには、多目的で機動性に富むソフトウェアプラットフォームが必要です。」

Clive Brown 氏は、さらに次のように述べています。「弊社のナノ細孔技術開発においては、実験における分子分析に関わる部分だけでなく、実験結果をエンドユーザーにお届けするワークフロー全体の向上に力を入れています。Accelrys Pipeline Pilot は、実験のリアルタイム分析といったオックスフォード・ナノポア独自のワークフローの特性を、個々の研究者から大規模な施設に至るまでユーザーの使いやすさに応じて、多様な方法で提供するユニークな製品です。このように重要なプロジェクトをアクセルリスと共に進められることを嬉しく思っています。」

アクセルリスの上級副社長兼 CSO (Chief Science Officer) である Frank Brown 博士は次のように述べています。「新たな高スループット技術とコスト削減により、NGS （次世代シーケンサ－）市場は急速に発展しており、人間の疾病に関して、ライフサイエンス分野の研究者にこれまでにない成果をもたらしています。オックスフォード・ナノポア社が同社の単分子 NGS テクノロジーに対する推奨分析プラットフォームとして Pipeline Pilot NGS Collection を選択いただいたことに感謝しています。また、NGS 市場への参入に際して オックスフォード・ナノポア社と協力し、ゲノム研究者向けの NGS 分析の簡素化と高速化によって高度な科学技術革新を推進できることを、たいへん喜ばしく思います。」

Next Generation Sequencing (NGS) Collection for Pipeline Pilot は多数のアルゴリズム、データ管理、可視化コンポーネントで構成されています。これらのコンポーネントにより、科学者は簡単で使いやすい視覚的なプログラミング環境でドラッグアンドドロップ操作を実行し、効率的なデータ処理パイプラインをすばやく作成できます。パイプラインには de novo アセンブリ用の手法、リードの参照配列へのマッピング、多型および構造変異の特定、RNA 発現レベルの計測、転写因子結合部位の特定などに用いることができる一般的なアルゴリズムが幅広く用意されており、複雑な NGS 分析ワークフローを簡素化し高速化します。ユーザーは最新のアルゴリズムとこれまで用いられてきた解析手法を組み合わせ、新しいプロトコルを作成、提供することにより、他の研究者がネットワークやローカルのコンピュータを使用して幅広い分析ツールにアクセスできるようにすることができます。」

注）

本件におけるパートナーシップは、当初は DNA 配列に主眼おいていますが、アクセルリスと オックスフォード・ナノポア のパートナーシップはタンパク質解析といった他のアプリケーションの発展にも寄与していきます。アクセルリスのソフトウェアは オックスフォード・ナノポア のGridION 機器でローカルに取得され即時処理される一次データのリアルタイム分析を独自の方法で実現します。これにより、ユーザーは必要な実験の評価項目を指定して、十分な実験データが得られるまでシステムを実行できます。また、実験をリアルタイムに監視することで、実験中でもフィードバックによる調整を行えます。

Accelrys Pipeline Pilot の概要

Accelrys Pipeline Pilot は高いパフォーマンスを誇る多目的サイエンティフィック・インフォマティクス・プラットフォームです。研究における技術革新サイクルの最適化、業務効率の向上、研究および IT にかかるコストの削減を支援します。さまざまな場所に保存されている膨大な研究データへの総合的で管理されたアクセスを提供し、データの科学的分析を自動化し、組織内の科学者全員が研究結果をすばやく検索、可視化して報告できるようにし、同僚や共同研究者とのコラボレーションをより効果的に促進します。NGS Collection for Pipeline Pilot の詳細については、こちらをご覧ください。

オックスフォード・ナノポア(Oxford Nanopore Technologies, Ltd.) の概要

Oxford Nanopore Technologies Ltd. は単一分子の直接的な電子検知と分析を行う革新的な技術を開発する企業です。同社の技術プラットフォームである GridION はさまざまなアプリケーションに大きなメリットをもたらすよう設計されています。同社の主力アプリケーションは DNA 配列に関するものですが、このプラットフォームもタンパク質解析および小分子やその他さまざまな分子に使用できます。その技術はモジュール化された拡張性に富むものであり、光学的ではなく電子的に制御されています。

開発中の Exonuclease シーケンシングおよび Strand シーケンシングという 2 つの DNA 配列メソッドは、タンパク質のナノ細孔をシリコンチップ上の多重化されたプロセッシブ酵素と組み合わせます。同社はまた、スピードの向上とコストの削減を目指して、固体ナノ細孔の開発にも協力しています。詳細については、www.nanoporetech.com をご覧下さい。

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