コラボレーティブ サイエンス

コラボレーションと知識に基づく的確な理解と予測を可能にすることで、製品化までの時間を短縮し、技術革新を促進します。

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高分子設計と解析

酵素や抗体、DNAやRNA等の高分子の立体構造や性質を決定する事は、広範囲な研究活動の基礎をなすものです。Discovery Studioは市場をリードする検証済みの、包括的な科学的ツールを提供する事で、こうした高分子研究の様々な場面を支援します。

Discovery Studioを用いる事で、以下の事を迅速かつ容易に行う事が可能です。

多重配列アラインメント(BLASTおよびPSI-BLAST)

  • 抗体や複数のチェーンから成るタンパク質に関しては、それぞれのチェーンについて同時に、かつ独立に多重配列アラインメントを実施

MODELERを用いた立体構造モデル構築

  • 立体構造データベース(PDB等)から取得した構造の解析や修正
  • 配列情報やX線回折データから直接ホモロジーモデルを構築
  • LOOPERアルゴリズムによってループ コンフォメーションを系統的に探索し、CHARMmを使用してランク付け
  • ループ コンフォメーションをテンプレート構造から対象モデルへ手動でコピーすることも可能
  • CHARMm ChiRotorシミュレーションを使用してアミノ酸側鎖を系統的に最適化
  • 膜タンパク質配列の膜貫通へリックスを予測
  • モデル構造の品質を評価

相手分子との相互作用様式の研究

  • ZDOCKを用いたタンパク‐タンパク ドッキングの実施と結合様式の予測

CHARMm 37b2 力場ベースのシミュレーション

  • 等電点とpH依存的なタンパク質の安定性を予測
  • 指定したpHにおける残基のイオン化やプロトン化の予測
  • 露わに溶媒を用いた高分子シミュレーション
  • 陰溶媒あるいは膜モデルを用いた高分子シミュレーション

アミノ酸残基の変異による高分子の性質変化の予測

  • 結合親和性への影響
  • 温度、あるいはpH依存的な安定性
  • タンパク質の凝集性向と開発可能性
  • 安定化のためのジスルフィド架橋箇所を特定

Discovery Studioを使用した高分子モデリングのデータシートを参照