コラボレーティブ サイエンス

コラボレーションと知識に基づく的確な理解と予測を可能にすることで、製品化までの時間を短縮し、技術革新を促進します。

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シミュレーション

Discovery Studioにおけるシミュレーションは、科学者のレビューと検証を経て30年以上にわたり提供され続けているCHARMMの分子力学および分子動力学力場エンジンを基盤としています。CHARMMはタンパク質、ペプチド、低分子リガンド、核酸、脂質、炭水化物などのエネルギー計算に焦点を合わせて開発されてきました。

また、Discovery Studioには、量子力学の研究を支援するため、DMol3プログラムが含まれています。DMol3 は、商用アプリケーションとして長い実績を誇るDFTプログラムです。DMol3 は計算プログラムの中でも最も高速な手法の1つに数えられています。特に、原子が500を超える大規模系に対してその効果が最大限発揮されます。

Discovery Studio に含まれるツール:

  • CHARMm c37b2 を用いた分子力場(MM)計算
  • DS では、charmm36、charmm27、charmm22、CHARMm、CHARMm-polarH、CFF、MMFF など、さまざまな種類の力場をサポート
  • CHARMm Generalized-Born(GB)溶媒モデルを使用して、迅速かつ正確にタンパク質イオン化および残基 pK を計算
  • 非常に大きい高分子系にも対応できる、高速な陽溶媒による水和法が搭載されており、オプションでカウンターイオンを置く事も可能
  • 陽溶媒または GB による陰溶媒のいずれかを用いて、分子力学による構造最適化を実行
  • 陽溶媒または GB による陰溶媒のいずれかを用いて、CHARMmによる分子動力学シミュレーションを実行
  • 力場ベースのシミュレーションにおいてタンパク質構造モデルを精密化するために、implicit membrane を加える事が可能
  • 陽溶媒を用いて NAMD+ による MD シミュレーションを実行することも可能
  • 座標を固定した、あるいはフレキシブルな受容体の中で、複数のリガンドのポーズを最適化
  • CHARMm ベースの堅牢な CDOCKER 法によって、リガンド ドッキングを実行
  • CHARMm に基づくMM-PBSA または MM-GBSA により、結合相互作用のスコアリング
  • ハイブリッドQM/MM を使用して、受容体-リガンド複合体のエネルギー一点計算または構造最適化

Discovery Studio シミュレーションのデータシートを参照