Pipeline Pilot CHARMm Component Collection
分子力学/分子動力学シミュレーション
CHARMm® Component Collection は、十分に検証された CHARMm エンジンを中核にした生体分子シミュレーション用の強力なコンポーネント セットです。このコンポーネント コレクションは、Pipeline Pilot™ の標準機能を拡張して、タンパク質、核酸、低分子、およびタンパク質-リガンド複合体に対する安定して正確な分子力学/分子動力学シミュレーションを組み込みます。
CHARMm Component Collection を使用して、カスタマイズしたシミュレーション ワークフローを作成することで、次のことを実現できます。
- 力場のタイプとパラメータの指定
- Molecular Mechanics-Poisson Boltzmann with the Surface Area (MM-PBSA) 法またはMolecular Mechanics-Generalized Born with Surface Area (MM-GBSA) 法を使用して、リガンド ドッキングをスコアリング
- CDOCKER を使用してリガンドをドッキング
- CHARMm スクリプト言語を使用して、カスタマイズしたスクリプトを作成して実行
- さまざまな力場、手法、および溶媒モデルを使用して、タンパク質やタンパク質-リガンド複合体に分子力学と分子動力学を実行
CHARMm Component Collection のデータシート