Pipeline Pilot Gene Expression Collection

Gene Expression Collection を使用して、遺伝子発現データの処理、分析、アノテーション、レポート作成が可能です。ゲノムデータの分析にはオープンソース・ソフトウェア・プロジェクトBioConductor を基盤にしており、統計計算パッケージ R をベースにしています。このコレクションを使用して、最適な遺伝子発現解析を、再現性を持ちながらプロトコル化できます。

Pipeline Pilot のGUI によるプロトコル構築機能を備えた Gene Expression Collecion を使用して、スクリプトを記述することなく BioConductor ベースの複雑なワークフローを構築できます。さらに遺伝子発現解析は、配列分析やレポート作成などの Pipeline Pilot ベースのプロセスに簡単に統合でき、BioConductor のライブラリ数増加に合わせて分析機能を追加していくことができます。

Gene Expression Collection によって、次のことを実現できます。

• 遺伝子発現データの分析とアノテーション
• Rパッケージに不慣れでもプログラミングなしで BioConductor ツールを使用
• さまざまな分析手法を比較しながらプロトコルを簡単に作成
• R Statistics Collection や Sequence Analysis Collection など他の Pipeline Pilot コレクションで行われた分析と R/BioConductor 分析を統合
• R のグラフィックと Reporting Collection の両方の要素を含む包括的なレポートの作成
• GEO データ セットのダウンロードと分析

Gene Expression Collection のデータシートを参照