Next Generation Sequencing Collection

Pipeline Pilot のNext Generation Sequencing (NGS) Collection を使用すると、Illumina、SOLiD、454 などの次世代シーケンサによって生成される膨大なデータから迅速なデータの品質評価や分析を行うことができます。NGS コンポーネントとサンプル プロトコルを使用して、de novo シーケンシング、リファレンスのゲノムや配列へのマッピング、多型の検出など、一般的なワークフローを実行できます。NGS Component Collection は、base-space と color-space のミスマッチ検出をサポートしています。

Pipeline Pilot コンポーネントのデータリーダーやライターは、SAM、BAM、GFF3、FASTQ などの一般的な形式に対応しています。これによりオープンソース・プログラムの統合を可能にし、急速に進化するハードウェアやソフトウェアに即時対応できるように配慮されています。またNGS Component Collection は、Pipeline Pilot 上に構築されているため、既存のデータ パイプラインを損なうことなくサードパーティのアプリケーションを統合し、新しいアルゴリズムを実装できます。

Next Generation Sequencing Collection のデータシート

Next Generation Sequencing Collection によって、次のことを実現できます。

• シンプルなドラッグアンドドロップ操作による全く新しいデータ処理パイプラインの作成と実行
• Web ベースのカスタマイズ可能なインタラクティブ・レポートによってランの品質やカバレッジを評価
• 遺伝子や dbSNP エントリなどにフィーチャを追加
• ペアの近接性、品質、反復配列に基づいてデータをフィルタリング
• 生データを配列に変換
• トラッキング情報を生成してブラウザで表示
• 生データを BWA、Bowtie などでマッピング
• Velvet を使用してde novo アセンブリを実行
• 実験のマッピング統計値を表示
• 一塩基多型の同定
• 挿入と欠失の同定
• コピー数多型の検出