Pipeline Pilot Sequence Analysis Component Collection

Sequence Analysis Component Collection は、基本的なバイオインフォマティクス機能と、遺伝子実験をサポートする実用的な配列分析ワークフローを作成するためのアルゴリズムを備えています。180 以上のコンポーネント機能と、業界標準のさまざまな手法を使用して、塩基配列・アミノ酸配列を分析し、アノテーションを付けることができます。

Sequence Analysis Component Collection によって、次のことを実現できます。

• 配列データの定型分析の自動化
• 種を横断して遺伝子やゲノムを比較
• 独自のアルゴリズムをプロトコルに統合
• ClustalW または Muscle でアライメントを実行
• アライメントから隠れマルコフモデル (HMM) を構築
• BLAST、PSI-BLAST、 MegaBLAST で配列類似性検索を実行
• siRNA を設計するプロトコルの構築
• 配列のアノテーション処理
• NCBI E-Utilities を統合して Entrez にクエリを機械実行
• BLAST データベースおよび FASTA データベースの作成
• Mass Spec for Proteomics Collection と組み合わせてクロスオミクス分析を実行
• Chemistry Collection と組み合わせてケムジェノミックス分析を実行

Sequence Analysis Component Collection のデータシート