バイオマーカー

生物医学では、病気の診断、特定の患者集団に対する最良の治療法の特定、治療効果の観察において、バイオマーカーが重要な役割を果たします。 ただし、さまざまな種類のデータを大量に分析する必要があり、新しい分析技術も頻繁に公開されるため、データの管理と分析に関する課題がプロジェクトの成功を脅かす状況になっています。

アクセルリスのサイエンティフィック インフォマティクス プラットフォーム Pipeline Pilot は、この課題の解決を支援し、診断/治療マーカーの同定という最も重要な課題に集中できるようにします。 オミックスデータ、画像、患者の遺伝的表現型、科学文献などから取得されたさまざまな種類のデータを大量に管理、統合、および分析できます。 また、新しいバイオマーカー プログラムが公開されるたびに、プロジェクト固有のプロトコルを簡単に作成し、既存のワークフローを損なわずに、新しいサードパーティ アプリケーションやアルゴリズムを迅速に統合できます。

in vivo/ in vitro での実験において、生物学者も Symyx Notebook by Accelrys を用いて企業全体で同じ電子実験ノートソフトウェアを使用することで、運用効率を高め、実験を計画、実行、および記録するためのコストを軽減できます。

製品情報

Pipeline Pilot: データ検索、フィルタリング、分析、レポート作成の各コンポーネントをグラフィカルに組み合わせて、ワークフローを作成および自動化します。

Pipeline Pilot コンポーネント コレクション:

Biology Collection: Mass Spectrometry for Proteomics、Gene Expression、Sequence Analysis、Next Generation Sequencing と複数のコンポーネント コレクションが提供されています。これらから提供される必要十分なアルゴリズムとベスト プラクティス プロトコルを使用して、ゲノミクス データの管理、分析、レポート作成のワークフローを作成および自動化します。

Imaging Collection: Imaging CollectionおよびAdvanced Imaging Collection を使用して、画像データをほかのデータと統合し、画像データの処理、計測、統合、カタログ化、検索、レポート作成を行うためのプロトコルを開発します。

Analysis and Statistics Collections: R Statistical Analysis Tools を実装して強力な統計分析を実行します。 Modeling Component Collection と Advanced Modeling Component Collection を使用して、クラスタリング、ベイズ学習、RP ツリー学習、類似構造検索、パレート最適化を実行します。

Text Analytics Collection: Text Analytics Component Collection を使用して、PubMed、US patents、NIH grants、その他の書類を検索します。

生物学向け Symyx Notebook by Accelrys 柔軟なエンタープライズ ELN (Electronic Laboratory Notebook)を使用して、生物化学情報の記録やプロセスを合理化し、共同研究者や委託研究機関とのコラボレーション能力を向上させます。

参考資料

アクセルリスのバイオマーカー研究関連製品の詳細については、次の資料を参照してください。

• Multi-Analyte Profiling of Marathon Runners (Physiological Genomics 誌掲載): 業界トップのバイオマーカー検査機関 Rules-Based Medicine は、Pipeline Pilot を使用して、マラソン選手から採取した血清サンプルに multi-analyte profiling を実行しました。
• サードパーティ PK/PD アプリケーションの統合に関する考察：Pipeline PilotにNONMEM などのツールを統合することで、薬物動態学/薬力学(PK/PD)データの統合、分析、レポート作成などの手間のかかる作業を軽減できることが説明されています。
  
• Using Pipeline Pilot to Analyze Biological Threats Poster: アクセルリスの研究者が急性肺障害のバイオマーカー研究に Pipeline Pilot を使用しました。